本校は、明治６年１月１１日に佐伯校として設置された後、明治８年８月５日に校舎を新築し、樂群小学校として開校した。その後、尋常小学校、国民学校を経て、昭和２２年４月より薭田野小学校と改称し現在に至っている。
　　薭田野町は、亀岡市の中心部より西に位置する農村地域であるが１０年あまり前に住宅団地が造成され児童数が急増し、昭和５７年にピークに達した。
　その後は減少の傾向をたどっている。農家のほとんどが兼業農家であるが、数戸の専業農家では、畜産と野菜の多角経営が行われている。また、地元で商店経営をしている人や土木関係の事業に従事している人もかなりあるが、亀岡市内をはじめ、京都市や大阪方面への通勤者が多い。
　また、薭田野町には伝統行事として佐伯灯篭があり、毎年８月１４日には、無形文化財に指定されている人形浄瑠璃が上演され、 薭田野神社は多くの人でにぎわう。また、天然記念物の桜石や、旅館街「湯の花温泉」もよく知られ、全国各地からの観光客でにぎわっている。

明治　６年　１月１１日　佐伯苗秀寺の方丈を借りて桑田
　　　　　　　　　　　　　　　郡第３区佐伯校として設置。
　　　　８年　８月　５日　佐伯村字垣内１番地に校舎を新築。
　　　　　　　　　　　　　　「樂群小学校」と改称。
　　　４０年　５月１４日　現在の源ノ坊に落成移転。

昭和１６年　４月　　　　「薭田野国民学校」と改称。
　　　２２年　４月　　　　「薭田野村立薭田野小学校」と改称。
　　　３０年　４月　　　　「亀岡市立 薭田野小学校」と改称。
　　　５７年１２月　　　　学校全面改築竣工。（体育館を除く）

平成　２年１２月　　　　体育館竣工。
　　　　３年　８月　　　　第２６回交通安全子ども自転車大会全国大会に出場。
　　　　４年１１月　　　　学校安全文部大臣表彰受賞。
　　　　５年　１月　　　　全日本交通安全協会交通安全優良学校表彰受賞。
　　　　７年　１月　　　　京都府教育委員会より『さわやか賞』を受賞。
　　　　７年　４月　　　　教育実践研究パイロット校の指定を受ける。
　　　　７年　８月　　　　第３０回交通安全子ども自転車大会全国大会に出場。
　　　　８年　８月　　　　第３１回交通安全子ども自転車大会全国大会出場。
　　　　８年１１月　　　　教育実践研究パイロット校研究発表会。
　　　１１年　１月　　　　京都府教育委員会より『さわやか賞』受賞。
　　　１２年　８月　　　　第３５回交通安全子ども自転車大会全国大会出場。
　　　１３年　１月　　　　亀岡市教育委員会指定特色ある教育推進事業研究発表会。
　　　１４年１１月　　　　京都府小学校教育研究会国語科研究大会開催
　　　１５年１１月　　 　 薭田野オープンスクールを開催　　
　　　１６年　４月　　　　府交通安全協会長　交通安全優良学校で表彰
　　　 １７年　４月　　　　京都府教育委員会より、京都夢･未来校の指定を受ける。
　　　１８年１１月　　　　京都夢･未来校研究発表会を開催。
　　　２１年～２２年　　 文部科学省コミュニティ・スクール推進事業指定 　　
　　　２３年　４月　　　　京都府　食に関する指導充実事業指定校